是由教皇建立，里面主要存放着历代教皇信件和一些机密文件，曾经记者、学家想要进入档案室都要经过批准。如今的梵蒂冈机密档案室并没有那么机密，可以根据目录选择自己想看的文件，不能进入。
一、梵蒂冈机密档案室禁地
梵蒂冈机密档案室是世界十大禁地之一，基本都是过去四个世纪的教皇们留下的私人信件和历史记录。梵蒂冈机密档案室由教皇保罗五世建立，他有一种清晰的历史感，认为教皇的信件和类似文件应该保存下来。，十七世纪意识形态控制得很严，普通民众不允许在私底下八卦国王或教皇的消息。，档案被锁了起来。
直到1881年，教皇利奥十三世才允许研究者查看部分梵蒂冈机密档案室内容。不过，查看文件不是那么简单的事，，记者、学生、业余历史学家，是不允许进入档案馆的。进入梵蒂冈机密档案室，学者要进入圣安娜门，穿过瑞士卫兵，走过美景宫廷院，然后呈上证书，而且流程200年以来几乎都没有变过。
一旦某个相关机构，证明某人是个严格的学者，获得准入梵蒂冈机密档案室，学者们会索取他们想参考的具体文件，每天仅允许索取三份文件。，比起浏览档案室的目录，他们必须从用意大利或拉丁文手写的目录中选择出具体文章。电脑是可以带进去的，不允许摄影，所以，学者们大部分时间都在阅览室里快速码字。
梵蒂冈机密档案室有80公里长的书架，和追溯到八世纪的各类文件，仅可供参考的目录就有35000卷。在2012年，为了庆祝建馆400周年，100多份秘密文件被公之于众，这次展览被称作“神秘之光”，其中包括有关1633年对伽利略的审判的相关记录。