按照清朝的规矩，妃嫔的儿子被选为皇太子，必须过继给，交由抚养。照这个规矩，年幼的同治帝应该由慈安来抚养照顾，而他的生母慈禧则无权抚养，甚至随便看一眼都不行。，慈安考虑到当时情况特殊，如果再照以前的老规矩办，难免会产生弊端。聪明的慈安，于是请慈禧和自己同居养心殿，共同抚养6岁的同治皇帝。慈安的做法，固然破坏了宫中的规矩，而且暗存危机，很可能将来被慈禧和同治这对亲生母子排斥或驾空。就连慈禧也在意外和惊喜之余，疑惑地问慈安为什么要这样安排。”慈安微微一笑，解释道“现在是非常时期，我们两个寡妇抚养一个孩子，如果不幸被奸人造谣离间、搬弄是非，国家大事就付之东流了。现在我们两宫太后同居一处，朝夕相处，坦诚相待，谗言自然也就杜绝了。”
听了慈安一席话，慈禧感动的，非常佩服慈安的胸怀气度和大局意识。此后，两宫太后同心同德，很快稳定了政局。她们倚重朝中的贤臣，启用曾国藩、左宗棠、李鸿章等一批优秀汉臣，使得同治年间出现了“中兴之象”。与政治人物慈禧比起来，慈安虽然对权力不感兴趣，但她的政治才华毫不逊色。慈禧有才干，又有强烈的政治欲望，虽然起初并不十分在行，但很快就进入了角色。慈安比较超脱，不喜欢政务，日常事务就放手让慈禧去做，她乐得轻松自在。不过，这并不意味着慈禧可以任意而为。在朝政大事上，还得是慈安说了算。因为虽然都是太后，但慈安为嫡，慈禧为庶，在“嫡庶之分”的礼制束缚下，慈禧不敢逾越，凡是遇到朝政大事，她都要征询慈安的意见，绝不敢擅自主张。
据史料记载，诛杀临阵逃脱的两江总督何桂清，赐死骄奢贪淫的胜保，赏给曾国藩、左宗棠等人爵位，都出自慈安的意思。对于东宫太后慈安的德行与行事风格，老百姓多有赞同，当时的，甚至出现了“东宫偶行一事，天下莫不额手称颂”的说法。在诛杀慈禧的心腹太监安德海一事上，慈安更是显露出非凡的决断力。安德海倚仗慈禧的宠信，胡作非为，肆无忌惮。朝中大臣，甚至连同治帝都惧他三分。一时间，安德海志得意满、势焰熏天，他一个太监，竟然张灯结彩，大摆酒宴，正式迎娶徽班美人马赛花为妻。对于安德海的所作所为，慈安从来都是睁一只眼，闭一只眼，没有表示过半点不满。她忍而不发，耐心地等待着安德海自寻死路。清朝祖训规定太监不得出宫，犯者杀无赦。得意忘形的安德海，将这条铁律忘得一干二净。公元1869年8月，安德海请求慈禧派他到江南置办龙衣，获得许可后，他一路招摇，途经山东境内时，被山东巡抚丁宝桢拿获。丁宝桢迅速将此事上奏朝廷，虽然慈禧有意袒护，早已忍耐多时的慈安“立命诛之”。慈安太后下令杀掉安德海后，朝野上下无不拍手称快，对慈安的决断力深表佩服。
公元1881年春天，慈安太后突然逝世。慈安太后的死，对大清朝的影响非常的大。慈安太后，慈禧太后开始独揽大权，这在一定程度上也加快了清朝的灭亡。慈安的存在，对于慈禧有着相当的震慑作用。