赵献可认为命门为人身之大主，强调了命门在人体生命活动过程中的重要作用。指出人的发育过程，先有命门，而后生成，命门为十二脏腑之根，为生命之原。命门在人体生命活动过程中，起主要作用者，乃命门内具之相火，他把相火比喻人体的命门，认为人体五脏六腑之所以能发挥正常作用，同样依赖于命门相火的作用，充分反映出对命门的重视，认为它是人身之至宝，是生命活动之源。这样，赵氏将人体阳气之根从心脏转移至命门，使肾命的生理功能作用在人体中显得尤为重要，使中医学术理论又有了新的发展。
赵氏认为，命门位于两肾之中，内具真水真火，而命门之相火又位于两肾水之间，它们之间有着非常密切的关系。火之有余是由于水亏，阴不制阳，而见相对火旺之象;水之有余，又是由于火亏，阳虚相对阴盛而见的表现，这是阴阳对立观所决定的。真水真火只能虑其不足，不能虑其有余，因为命门水火是人体生命活动能力的根源，是先天之本。所以，只能虑其虚。
水火之间，水为火之根。，补火当于水中求火，既在阴中求阳，使阴生阳长。对于命门水火的作用，赵氏更强调火的作用，认为相火在人身中是起决定性作用的，应当时刻保护，不能任意戕伐。对于命门先天水、火不足的治疗，不是补水，就是补火。赵氏认为，八味丸与钱乙所制的六味地黄丸，是补真火、真水的主方。