王好古著有《阴证略例》、《医垒元戎》、《此事难知》、《癍论萃英》、《汤液本草》等书，其中《阴证略例》为其代表作。《阴证略例》为专门论述阴证的专著。据自序，成书于公元1232年。作者鉴于“伤寒古今为一大病，阴证一节，害人为尤速”，“阳证则易辨而易治，阴证则难辨而难治”，因而撷取前贤有关阴证论述，并参以己见，从病因病机、诊断治疗方面对阴证进行了较为全面的阐发，旨在阐明伤寒阴证的危害及温阳的重要性。该书最早被收入杜思敬《济生拔粹》中;至清，陆心源根据钱遵王(曾)所藏的旧抄本，刊入“十万卷楼丛书”。
《医书五十四种》及《中国医学大成》都分别有载录。从版本内容看，元版较之清版，多有“阴证发黄”、“阴证发斑”及一例医案。 据《阴证略例》麻信之序，王氏门人有皇甫黻、张沌、宋廷圭、张可、弋彀英五人。
《癍论萃英》成书于公元1237年，本书语简意赅，对癍疹治疗及与疮疹辨别有独特见解，所立方剂颇切临床实用。《医垒元戎》成书于公元1291年，鉴于仲景而后，伤寒、杂病分为两科，医工愈学愈陋，愈专而愈粗之弊，遂祖述仲景之制，参以易水、东垣之法，发明伤寒、杂病证治之要义，寄望学者融会贯通。本书载方1035首，既注重采摭前贤之用药心法，亦不乏化裁古方之自出机杼者。
《汤液本草》初稿成于公元1298年，至公元1308年定稿。主要阐述药物治病机理、用药要点及炮制等内容。对、李东垣药学理论进行了阐发，反映了金元时期药物学理论发展成就。《此事难知》刊于公元1308年，系编辑其师之医论，包括脏腑、经络、气血、营卫、诊法、病因病机、天人相关、治法等。
王好古论伤寒为病，非常重视内因的作用，认为不论内伤外感，其所以为病，总由人体正气之虚所致。外感寒邪，内伤饮冷或空腹不食，均可导致内伤阴证的发生。但其得病有轻重之不同，预后有可治不可治的区别，全在于人体正气的虚实程度。王氏的这一理论认识，与《内经》中“邪之所凑，其气必虚”，“正气存内，邪不可干”的思想是完全一致的。
不仅如此，王氏在以上文字中，还说明了出现三阴证的病机，与人体内已伏阴有十分密切的关系。这种从体质角度分析病机，强调体质从化观点，颇有实际意义。王氏论伤寒强调正气之虚为本，李杲论内伤病，亦强调元气不足为根，二者的观点基本一致。可见王氏之学受李杲之学术思想的迪，是一脉相承的。